Trung tâm nghiên cứu Bhutan vào năm 2002 cho phát hành một bài thuyết trình (sau đây gọi là "văn kiện CBS")[9] là tường thuật sẵn có duy nhất từ Bhutan về lịch sử phát triển của quốc kỳ. Văn kiện này chủ yếu dựa trên những giải thích thu được bằng cách phỏng vấn với những cá nhân trực tiếp tham gia sáng tạo và cải biến quốc kỳ tại Bhutan, từ cuối thập niên 1940 cho đến khi thông qua quốc kỳ hiện tại vào khoảng năm 1970.

Quốc kỳ đầu tiên (1949)

Văn kiện CBS ghi rằng quốc kỳ đầu tiên được thiết kế theo yêu cầu của Druk Gyalpo đệ nhị của Vương quốc Bhutan thế kỷ 20 là Jigme Wangchuk, và được xuất hiện trong lế ký Hiệp định Ấn Độ-Bhutan vào năm 1949.[9] Mặc dù văn kiện không cung cấp một minh họa về thiết kế nguyên bản, song các ảnh đen-trắng từ sự kiện lịch sử này cung cấp hình dung về quốc kỳ đầu tiên của Bhutan.[13][14]

Thiết kế quốc kỳ được công nhận là của Mayeum Choying Wongmo Dorji vào năm 1947.[11] Lharip Taw Taw là một trong vài họa sĩ khả dụng trong triều đình đương thời, ông được cho là người thêu quốc kỳ. Druk có màu lục nhằm phù hợp với ám chỉ truyền thống và tôn giáo về yu druk ngonm (tiếng Dzongkha: གཡུ་ རབྲུག་ སྡོནམ).[9] Ngày nay, một bản mô phỏng hiện đại về thiết kế gốc này (với một số cải biến đáng kế do chịu ảnh hưởng từ quốc kỳ hiện tại) được trưng phía sau vương vị tại Tòa nhà quốc hội tại Thimphu.[9][15]

Theo văn kiện CBS, quốc kỳ nguyên bản của Bhutan có ba màu được phân chia theo đường chéo từ góc phía dưới của phía kéo cờ. Nền vàng trải ở tam giác phía trên, và nền đỏ ở tam giác phía dưới. Tại trung tâm của quốc kỳ, tại nơi giao giữa màu vàng và màu đỏ, là một Druk màu lục, nằm song song với cạnh dưới và đối diện với phía bay.[9] Tuy nhiên, văn kiện CBS không minh họa những phiên bản đầu tiên của quốc kỳ và miêu tả trong đó về quốc kỳ năm 1949 không toàn toàn phù hợp với những bức hình còn lại từ năm 1949. Văn kiện mô tả quốc kỳ hình vuông, trong khi tỷ lệ theo những bức hình là khoảng 4:5. Văn kiện mô tả rồng đối diện với phía bay, song rồng trong những bức hình đối diện với phía kéo cờ. Rồng được mô tả là song song với cạnh dưới, song trong hình thì nó xiên hơi theo chiều thẳng đứng. Rồng được mô tả là màu lục, song nếu vậy trong bóng hình phải rất nhatj.

Những sách của phương Tây cho đến sau năm 1970 thường biểu thị quốc kỳ Bhutan gần giống với hình năm 1949.[16][17][18][19]

Cải biến năm 1956

Phiên bản thứ nhì của quốc kỳ được phát triển trong năm 1956 nhằm phục vụ chuyến công du của Druk Gyalpo đệ tam là Jigme Dorji Wangchuk đến miền đông Bhutan. Trong chuyến đi, ban thư ký của Druk Gyalpo bắt đầu sử dụng những lá quốc kỳ với thiết kế mới dựa trên một ảnh về quốc kỳ đầu tiên năm 1949, với màu của rồng chuyển từ lục sang trắng. Đoàn tùy tùng của Druk Gyalpo gồm một đội hậu vệ với hơn 100 con ngựa; một phiên bản nhỏ của quốc kỳ được đặt trên yên của mọi con thứ tròn chục, và một quốc kỳ lớn có kích thước khoảng 6 foot vuông (0,56 m2) được treo tại trại mỗi đêm, được kéo lên trong âm thanh của kèn.[9]

Cải biến sau năm 1956

Bắt đầu từ cuối thập niên 1950, cựu thư ký của Jigme Dorji Wangchuck và Chủ tịch Quốc hội (1971–74) là Dasho Shingkhar Lam thỉnh cầu Long vương tiến hành một số cải biến đối với quốc kỳ; ông chịu trách nhiệm về thiết kế hiện tại,[20] từ năm 1969.[21] Long vương được tường thuật là không thỏa mãn trước việc các quốc kỳ Bhutan hình vuông ban đầu không vẫy được giống như quốc kỳ Ấn Độ hình chữ nhật khi được trưng trong một chuyến công du của một quan chức Ấn Độ đến Bhutan. Kích thước chuẩn của quốc kỳ Bhutan do đó biến đổi cho giống với quốc kỳ Ấn Độ, tức 9 feet:6 feet.[9]

Trong một cải biến khác, rồng vốn được đặt gần nằm ngang tại trung tâm của quốc kỳ nay được đặt lại để trải theo đường chéo phân chia giữa hai màu nền. Cải biến này nhằm tránh việc có rồng "đối diện với đất" khi quốc kỳ không tung bay khi treo. Họa sĩ người Bhutan Kilkhor Lopen Jada vẽ một thiết kế mới cho druk, theo đó những đường cong của thân rồng được nới lỏng nhằm tạo nên một hình hơi dài hơn và gợn sóng nhẹ hơn.[9]

Văn kiện CBS ghi rằng Long vương ra lệnh màu của nửa phía dưới được chuyền từ đỏ sang cam trong năm 1968 hoặc 1969.[9]

Quốc kỳ Bhutan được treo ở ngoại quốc lần đầu tiên vào năm 1961 trong chuyến công du cấp quốc gia đến Ấn Độ của Jigme Dorji Wangchuck. Chuyến công du này là nhằm khởi đầu một cấp mới trong quan hệ giữa hai quốc gia.[22]